「この俺のかっこうの、一体どこが変だっつーんだ！？」黒いマントをひるがえし、声をはりあげるケイン。辺境の惑星の小さな酒場。彼のマントに因縁をつけてきた男どもをどつき倒し、自分のポリシーを守った彼は、何故か留置所に入れられてしまう。
簡単な人捜しと引き替えに、知り合いの星間警察の警部：レイルに釈放してもらったケイン。だが、その「簡単な仕事」は、実は組織がらみだった----
ソードブレイカーの主制御システム：キャナルには新製品のビームを買わされるし、太陽系に着いたとたん戦闘艦の砲撃をうけるし、火星に下りれば組織の下っ端にケンカ売られるし・・・。
ようやく家出人：クライブを見つけたケインだったが、ケインは何故か、銀河系最大の犯罪組織「ナイトメア」の刺客だと思われていて----？
「まさか----砲撃か！？」突然の爆発音にはね起きるケイン。どーやったら圧力ナベが爆発するのかは知らないが----原因は、火星での事件で探偵をクビになり、砲撃手兼ケインの助手としてソードブレイカーに再就職したミリィらしい。ケインは遅まきながら、彼女を雇ったことを後悔するのだった----
「やっかい事下請け人」のケインが軽い気持ちで選んだ仕事は、ラグルド社の貨物船の警護。単なる宇宙海賊など、遺失宇宙船であるソードブレイカーの敵ではないが----レストランで偶然出会った星間警察の警部：レイルの話によると、海賊たちは何故か星間警察が動いているにもかかわらず、しつこくラグルド社の貨物船を襲い続けているらしい。
更に海賊たちは、聞き込みを始めたレイルを爆弾で吹き飛ばそうとし、「ナイトメア」の艦隊をも撃沈。星間警察と「ナイトメア」の２つを敵に回して生き残れるはずなどないのだが----この海賊たちの大胆さは一体！？
ラグルド社から特許申請された新型照準機。その技術の一部に、ロスト・シップの技術が使われているらしい事をケインたちが知った、その一週間後。正体不明の艦隊が、惑星レグンを急襲。星間警察のパトロール艦を撃破し、ラグルド社を壊滅させた----
キャナルがハッキングで得たデータによれば、その艦隊は、警察や軍のレーダー網に全く映らなかったらしい。どうやらその艦隊にもロスト・シップの技術が使われているようだが----？
そんな折、ケインのもとに持ち込まれたウィルキンス社の内部調査依頼。依頼料につられ、ウィルキンス社の宇宙実験工場「ケルビム」へ潜入したケインとミリィが見つけたのは、一隻の中型宇宙船。流線型の船体を覆う有機的なフォルムの黒い装甲。----まさか、これもロスト・シップ！？
手に光をかかげ、闇の中を歩く少年と少女。２人ははぐれ----そして少年は闇と出会う----
五十年ほど前、惑星ルゾルデで起こった、この小さな出来事が全てのはじまりだった----
「五つの輝き、そして汝の恐怖が汝を殺す。恐怖するなかれ。命惜しくば」逆五紡星のレーザー・ホログラフとともに、そんな通信を受け取った宇宙軍F-183遊撃巡航部隊１２隻の乗組員は全員、その直後に息を引き取った。
----闇は目覚めた。再び、銀河に闇と悪夢を撒くために----
キャナルから全てを聞いたケインとミリィは「ナイトメア」のかくれみのであるゲイザー・コンツェルンの仕事を引き受け、惑星ルゾルデに向かった。レア・メタル運搬船の護衛中に、襲い来る「ナイトメア」のロスト・シップ「ラグド・メゼギス」。戦闘中に突然自爆した運搬船の爆発に巻き込まれたソードブレイカーは、相転移航法で「ラグド・メゼギス」の追撃から逃れたものの、コントロールを失い惑星ジェンノーに墜落した！
はるか昔。銀河には文明があった。人々の価値観の違いは敵対するふたつの大きな勢力を生み----やがて一方の陣営は「恐怖」を糧とし生命のともしびを消す能力：システム・ダークスターを持つ一隻の新型船を開発。伝説上の魔王にちなんで「デュグラディグドゥ」と名付けられたその宇宙船は、魔王の五つの武器の名を冠した護衛艦五隻を従え、自らを作り出した人々をその能力の最初の餌食とした----
滅びを撒く「デュグラディグドゥ」を破壊するため、イレイズ・システムを搭載し「希望」を糧とする一隻の船が造られた。伝説上の神：ヴォルフィードの名を与えられたその船は、イレイズ・システムでシステム・ダークスターを相殺すると同時に自らの力を使い果たし----彼らはある惑星で眠りについた。
宇宙には恐怖が満ちていた。逆五紡星のホログラフは、立て続けに七つもの惑星の住人を全滅させ、人々は自らの頭上に逆五紡星が現れないよう祈るのみ----蔓延した「恐怖」が、闇にさらなる力を与える----
家族を失ったレイルは「ナイトメア」の強制捜査を開始。ナイトメアの本部「ヘカトンケイル」に侵入した。
星間警察・宇宙軍の艦隊に砲撃を加えたスターゲイザーは、惑星ルゾルデの人々、さらには「ナイトメア」のスタッフをも殺し始める。さらなる「恐怖」を得るために。
「ヘカトンケイル」に向かう「ソードブレイカー」。全銀河の命運をかけた戦いが、今はじまる----