人類が光の速度を超えてから、およそ百年。急速に増えた植民惑星のひとつ、惑星フリードでは、派遣された総督が犯罪組織：ラガイン・コネクションと手を結んでいた。
組織がらみで行方不明になった娘コリィを探すマーティンは、外部の人間である事件処理業者に依頼を持ち込む。引き受けたのは、会社設立記念キャンペーンとして、期間限定無料トラブルシュートを行っている「シェリフスターズ・カンパニー」。
キャンペーン二課から派遣されてきた、チーム・モーニングスターのイーザー＝マリオンとサミィ＝マリオンは、常人離れしたその能力で組織が差し向けた刺客たちを退けるが、その間にマーティンが組織の刺客：ロートレックにさらわれてしまう。
ロートレックには逃げられたものの、サミィとイーザーはマーティンを無事救出。３人はそのまま、宇宙船「モーニング・スター」に乗り込み、ロートレックの教えたコリィの居場所----ダストブローに向かう。迎撃の支持を出した組織のボス：ラガインは、惑星ファーサイドの試作実験工場の壊滅について報告にきていた所長：コラードから、「シェリフスターズ・カンパニー」に関する驚くべき話を聞く。
シェリフスター・カンパニー社長：ティモシー＝マイスターが伝えてきた次の仕事は、技術者：アルデオ＝クローネットを、火星のクロフト本社まで護送すること。しかし、彼は今、内戦真っ最中の惑星：メルキアにいた。サミィの抗議もむなしく、イーザーはその仕事を引き受けてしまう。
２人がメルキアに降りた後の無人の「モーニング・スター」を操船するため、シェリフスター・カンパニーの装備課主任：「クイーン」（もちろん自称。本名不明）が派遣されてきた。
チーム・シューティングスターの補助のもと、クイーンのやたらおーざっぱな作戦に従って、シャトル「ドラグゥーン」で降下するサミィとイーザー。「クイーン」の趣味でシャトルに付けられた潜水機能で追撃を逃れた２人は、同じく「クイーン」の趣味で“オープン・カー”としてデザインされた車に乗り、ロナルド・シティへと向かう。----外は雨だった。
反乱を起こした自動部隊：マリオネッツの襲撃により廃墟と化していたその街で、サミィとイーザーは３人の子供たちと出会う。彼らと共にホテルの地下に隠れていた大人たちは、サミィとイーザーに、子供たちを安全なクルス・シティまで連れて行って欲しいと頼む。サミィとイーザーが子供たちと共に街を出てほどなく----ロナルド・シティはマリオネッツの空爆を受け、炎に包まれた。
チーム・シューティングスターと合流し、シャトル「ワイバーン」でクルス・シティへ向かった彼らは、子供たちの親の消息を尋ねようと立ち寄った役所で、今回の依頼人：アルデオを見つける。
宇宙第二位の規模を誇るエルパ・カンパニーが実質上支配する、惑星エシードラの衛星港：PB-EL03「ラビィ」。妹：マーシャが殺された事件を追うサーシャを心配したサーシャの恋人：クリフは、「シェリフスターズ・カンパニー」に事件の調査を依頼する。警察から戻されたマーシャの遺体の首は、縫いつけられていた・・・。
企業の支配する学歴社会への反発から非行に走っていたマーシャの仲間：ジャック、クリフ、そしてサーシャとともに、マーシャが殺された現場へ向かうサミィとイーザー。おびえるクリフを外に残し、ビルに入った４人が見たのは、天井まで血まみれの部屋。これは、組織どうしの殺し合いなどというレベルではない。ビルの捜索を続ける４人に襲い掛かる、４つの目と耳まで開く口を持つ男。サミィやイーザーと同じ、遺伝子操作生体兵器。難なく倒したものの、サミィにはその死体が自分の末路に見えた・・・。
どうやら、クロフト中枢部はマーシャが殺された事件がエルパの生体兵器のテストだと知った上で、サミィとイーザーをここに送りこんだらしい。そして、エルパ社は、自社の生体兵器とクロフト社の生体兵器、どちらが優秀か試すためにサミィたちを襲わせた。つまり、これはクロフトとエルパの代理戦争。それが分かっても、サミィには依頼を遂行する以外の選択肢はなかった。
エルパ研究施設に侵入しようとマップを探していたサミィとイーザーのところに、サーシャが誘拐されたという連絡が入る。資源再生センターに呼び出されたサミィとイーザーは、再びエルパ社の生体兵器と対峙する。
シェリフスターズ・カンパニーの親会社：クロフト・カンパニーの大株主が病死。その唯一の相続人：ルードの護衛についた、チーム・シューティングスターのバックアップが今回の仕事。惑星ガレットのハースト大陸で一人旅をしているルードを襲った数人の男を、レティシアとルードは難なく片付ける。だが、その内のひとり：顔を隠した黒ずくめの男に、サミィやイーザーと同じ生体兵器であるメニィが倒された。おそらくその男は、イーザーの量産クローン『イージス』。
どうやらクロフト社内の内部抗争が飛び火したようだが、クロフト社長：ランドルフ＝マイスターは、２週間後の役員会まで、動くつもりはないらしい。
クロフト社長の娘であるレティシアを信じて良いのか。イーザーと全く同じ顔をした『イージス』を倒せるのか。サミィはひとり思い悩む。
暗殺される可能性があるクロフト社長の護衛につくというレティシアにサミィは反対するが、ルードが相続権を放棄したことが分かる。結局、レティシアとメニィは火星へ向かい、サミィとイーザーは、任務終了の命令が来るまでルードの護衛を続けることになった。
連絡を絶ったチーム・モーニングスターの安否確認に向かったチーム・シューティングスターは、サミィとイーザーに招き入れられたモーニング・スターの船内でレヴィアン＝コラードに会う。コラードは、マリオン・シリーズであるサミィ、イーザー、メニィの命をつなぐための薬品とその製法を４人に提供。４人はその薬品を受け取り、クロフト・カンパニーの支配から逃れる道を選ぶ。
しかし、４人の離反の情報がクロフト側に流れてしまい、惑星サンビューネの海賊討伐に向かったモーニング・スターとシューティング・スターは、待ちかまえていたクロフト社の船に沈められてしまう。連絡艇で惑星に降りた４人は、クロフトに追い立てられた海賊たちと手を組むことにする。その頃、コラードも、自分の理想を実現するための鍵であるマリオンたちを救出するため、サンビューネに降り立っていた。