酒場で騒ぎを起こしたケインは、男アレルギーの探偵：ミリィと知り合う。ミリィは家出人を連れ戻す仕事を依頼されていたが、ケインが家出人に怪我をさせたため、探偵社をクビになる。
その事件の重要参考人として手配されたケインは、星間警察の警部：レイルに、女の子を誘拐団から救出する仕事を押しつけられる。同じ内容の依頼を受けて誘拐団のアジトに潜入していたミリィはケインと鉢合わせし、成り行きで一緒に行動することになる。
仕事を探すケインとミリィは、酒場でピアノを弾いていた男：ジャックと知り合う。偶然出会ったレイルから、ジャックが銀河系最大の犯罪組織「ナイトメア」の一員で賞金首だと聞いたケインは、ジャックの家へと向かう。
ケインとミリィは元殺し屋のジャックに追いつめられるが、ジャックは警察に投降。その後、ケインたちをジャックのかたきと狙う男によってホテルの部屋が爆破されるものの、２人は何とかソードブレイカーに帰還。キャナルが艦の内装整備を行う間、ケインとミリィはアニスの機嫌を直すため一緒に街で遊ぶことになる。
世界征服に乗り出した「ナイトメア」は各惑星に襲撃艦隊を送り込む。ケインたちがナイトメアとの対決を決意した矢先、ナイトメアの遺失宇宙船「ネザード」が現れる。その頃、星間警察博物館に向かったレイルは、前文明の秘文を入手していた。
ケインたちは、ケインの祖母：アリシアの家へ向かう。そこに「闇を撒くもの」がアニスを取り返しに現れるが、ミリィの顔を見て奇妙な反応を示した「闇を撒くもの」はキャナルの援護射撃を受けて「ゴルンノヴァ」で立ち去る。ケインは再びプラズマ・ブラストを使おうとするが、無理な精神力消耗で気を失う。
レイルから科学者護衛の怪しい仕事を頼まれたケインたちは、宇宙軍に追いかけられているフォウニ＝ネス博士を保護し、目的地まで送り届ける。後日、キャナルに異常が発生。修理の方法を探すためレイルと連絡を取ったケインたちは、フォウニを紹介される。
目的の分からないフォウニからの誘いを断り続けるキャナルだったが、他に方法が無く、フォウニのもとへ向かうことにする。通りすがりに助けた女の子：アルティナはフォウニの知り合いで、ソードブレイカーの力でフォウニを救って欲しいとケインたちに頼む。キャナルは異常を治すため、月の地下にある異文化の築造物で初期化を行うことになる。